事業計画地が文化財包蔵地に該当する場合には、届出とともに、実際の取扱いの協議を行う必要があります。
現地踏査や試掘調査を実施し、現在どのような状況にあるのかを調査します。
調べた結果、もし遺跡が残っていない、または、工事の影響を受けないことが判明した場合には、発掘調査を行う必要はありません。しかし、遺跡が現存し、なおかつ予定している工事によって影響を受ける場合には、その取扱いについて、協議を行う必要があります。その方法については、例えば以下のようなケースが考えられます。

1.　計画予定地を周知の文化財包蔵地の範囲外に変更する。
2.　遺跡部分を公園・緑地などに取り込んで、現状保存を図る。
3.　遺跡部分を土盛りをする等の設計変更をして、現状保存を図る。
4.　工事に先行して、発掘調査を実施する。

なるべく遺跡を保存する1～3のような形が好ましいのですが、どうしても計画にそぐわない場合は、4のケースにいたる場合があります。発掘調査を行う場合は、遺跡が工事によって無くなってしまうことを想定とします。
遺跡は一度破壊されてしまうと、二度ともとには戻りません。従って、発掘調査は工事実施の前に、我々の財産である遺跡が持つさまざまな情報を記録し、後世に伝えていくために必要なのです。

県教育委員会からの指示および市教育委員会（歴史文化課）との協議

事業の内容に応じて、おおむね以下の４つのような指示が県教育委員会から事業者に通知されます。この回答を受け、事業者と市教育委員会（歴史文化課）で遺跡等の具体的な取り扱いについて協議を行います。

（１）発掘調査

本格的な発掘調査。
実施方法・期間・費用負担など詳しい内容につきましては、開発の仕様によって異なりますので市教育委員会（歴史文化課）にご相談ください。

（２）試掘調査

遺跡の有無や深さ、密度等を把握し、本格的な調査が必要であるかどうかを判断するための小規模な調査です。試掘面積は開発面積の5～10％程度です。調査によって遺跡等が確認された場合はその保護について協議し、やむを得ず保護できない場合は発掘調査に切り替え、掘削範囲すべてを調査対象にします。

（３）工事立会

工事に伴い市職員等が工事に立ち会う調査です。
遺跡等が発見された場合、必要最低限の記録作成のため、一時的に工事の中断をお願いすることがあります。

（４）慎重工事

工事掘削を、届出いただいた内容に沿ったものに留め、注意深く行っていただくことを求めるもので、調査は実施しません。